Berghaupten wurde im Jahre 1277 erstmals urkundlich erwähnt. In den folgenden Jahrhunderten war die Geschichte des Ortes eng mit den Herren von Hohengeroldseck verbunden, bis die Familie 1634 ausstarb. Es folgte eine Zeit der Streitigkeiten zwischen Österreich und dem Bischof von Straßburg. 1697 wurde das Dorf an die Freiherren von Schleys verkauft.

Südlich des Ortes bestand einst die heute abgegangene Burg Berghaupten, während im Ort ein adeliger Landsitz bestand, dessen Besitzer häufig wechselten und der bereits bis zum Erwerb des Ortes durch die Freiherren von Schleiß zum Wasserschloss ausgebaut war. Die Freiherren ließen das baufällige Wasserschloss später abreißen und errichteten an seiner Stelle einen Neubau, der 1831 in den Besitz der Gemeinde kam, die ihn zunächst als Schulhaus nutzte, bevor das Gebäude seinem heutigen Zweck als Rathaus zugeführt wurde.

Von 1755 bis Mitte der 1920er Jahre wurde in Berghaupten Bergbau betrieben. Gefördert wurde Steinkohle von vorzüglicher Qualität. Die Grube kämpfte jedoch ständig mit dem in großen Mengen einbrechenden Wasser, so dass die Förderung nie besonders wirtschaftlich war.